Cubism 3 SDK以降のバージョンでは、Cubism 2.1の組み込み用データ形式である.mocや.mtnなどをそのままの状態で使うことはできません。
ただしCubism 3 以降のバージョンのエディタでは、Cubism 2.1の編集データ形式である.cmoxや.canxなどを読み込んで、その後それらを.cmo3や.can3に変換することができます。このため、変換後に.moc3や.motion3.json形式にして出力することで新しいバージョンのCubism SDKに対応させることが可能です。
変換の手順や詳細についてはCubism Editor マニュアルをご覧ください。